Huyện Yên Mỹ có sông Nghĩa Trụ bắt nguồn từ cống Xuân Quan, xã Xuân Quan, huyện Văn Giang chảy qua, đến xã Minh Châu, sông Nghĩa Trụ chia làm hai nhánh: nhánh phía đông chảy qua Tân Việt rồi đổ ra sông Kẻ Sặt; nhánh còn lại chảy sang huyện Khoái Châu rồi đổ và sông Nghĩa Xuyên. Ngoài ra còn có sông Kim Ngưu, sông đào nhà Lê.

Yên Mỹ có đường 39A chạy qua, đoạn từ Nghĩa Hiệp tới Minh Châu dài 11 km; đường 380 từ xã Nghĩa Hiệp đến Cầu Treo; đường 378 đi qua các xã Hoàn Long, Yên Phú, Yên Hòa; đường 200 từ Cầu Lác, thôn Lạc Cầu, xã Giai Phạm đi Hoan Ái - Cống Tráng, xã Tân Việt; đường 199 trước là đê ngăn lũ từ Thiết Trụ (Bình Minh, Khoái Châu) qua Từ Hồ - Vai Bò - Lực Điền gặp đường 39A đến xã Lý Thường Kiệt - Tân Việt tới Sa Lung, đoạn qua Yên Mĩ dài 15 km; đường 381 từ Bần Yên Nhân đi Từ Hồ - Quán Cà - Dân Tiến; đường 207 từ Từ Hồ đi Văn Giang, đoạn qua huyện dài 3 km. Một đoạn rất ngắn của quốc lộ 5A đi qua địa bàn xã Giai Phạm.